1月16日，全国维护妇女儿童权益协调组决定（妇维协字〔2006〕1号文件），授予中国中医科学院望京医院马静同志“全国维护妇女儿童权益贡献奖”。
    1月27日，国家中医药管理局直属机关党委决定（国中医药机党组〔2006〕4号），授予国家中医药管理局医政司党支部等24个党委（总支、支部）“国家中医药管理局直属机关先进基层党组织”荣誉称号；授予闫冰等120名党员“国家中医药管理局直属机关优秀共产党员”荣誉称号；授予严建文等24名专兼职党务干部“国家中医药管理局直属机关优秀党务工作者”荣誉称号。
    2月14日，中央国家机关7部门（精神文明、综合治理、绿化、计划生育、爱国卫生、交通安全、环境整治）决定（国机精〔2006〕3号文件），授予中国中医科学院广安门医院“中央国家机关文明单位标兵”荣誉称号，授予中国中医科学院西苑医院、望京医院、眼科医院“中央国家机关文明单位”荣誉称号，授予中国中医科学院西苑医院王书臣同志“中央国家机关精神文明建设先进工作者”荣誉称号，授予国家中医药管理局陈伟同志“中央国家机关社会治安综合治理先进工作者”荣誉称号。此外，国家中医药管理局机关服务中心程辉同志获“首都绿化美化积极分子”荣誉称号，国家中医药管理局获“北京市人口和计划生育先进集体”荣誉称号。
    2月27日，中华全国妇联决定（妇字〔2006〕7号文件），授予中国中医科学院广安门医院主任医师林兰同志“全国三八红旗手”荣誉称号，中国中医科学院西苑医院呼吸科护理组“全国三八红旗集体”荣誉称号。
    3月1日，中央国家机关妇工委决定（国机妇〔2006〕3号文件），授予中国中医科学院望京医院工会女职工委员会“中央国家机关先进基层妇女组织”荣誉称号。
    3月3日，中央国家机关党工委办公室通报表扬，2005年国家中医药管理局信息被紫光阁网站采用38条，数量名列中央国家机关90多个部门的前10名。
    6月21日，中央国家机关工会联合会通报表彰（国机工办发〔2006〕145号文件），国家中医药管理局直属机关工会获2005年度中央国家机关工会财务工作“优秀奖”。
    6月23日，中央国家机关党工委决定（国工发〔2006〕16号文件），授予中国中医科学院广安门医院党委“中央国家机关先进基层党组织”荣誉称号，授予中国中医科学院望京医院院长陈珞珈同志“中央国家机关优秀共产党员”荣誉称号，授予中国中医科学院眼科医院党委书记张菊敏同志“中央国家机关优秀党务工作者”荣誉称号。
    7月28日，在中央国家机关工会联合会东四联络片第七届保龄球比赛中，由张印生、秦树坤、冉升起、李晓明、唐日晶、吴杰、王建中、刘阳等同志组成的国家中医药管理局第一代表队夺得第四名。
    9月6日，中央国家机关第二届职工书画摄影展览组委会通报，中国中医科学院广安门医院王涛同志的书法作品获中央国家机关第二届职工书画摄影展览书法部分“三等奖”，中国中医科学院高合年、赵树启、李阿梅、西苑医院唐旭东、白一清、甄明玉、郑靖铁、信息所张桂琴、基础所李素霞、中国中医药报社胡春福、高新军等同志的作品分别获书法部分、美术部分和摄影部分的“优秀奖”，国家中医药管理局获中央国家机关第二届职工书画摄影展览“基层活动奖”。
    9月8日，在卫生部、国家中医药管理局第五次职工运动会上，中国中医科学院广安门医院、西苑医院、望京医院分别夺得团体总分第一、第二名、第八名的优异成绩。一大批运动员在许多项目中取得了好成绩，共获得25块金牌、26块银牌和22块铜牌。
    10月，中央国家机关团工委向中国中医科学院广安门医院音乐舞蹈诗《中医之光》、中国中医科学院望京医院踢踏舞《天使踢踏》颁发“青春·祖国”第二届中央国家机关青年文化季文艺汇演“优秀奖”。
    11月6日，中央国家机关党工委组织部、《紫光阁》杂志社通报，在“巩固先进性教育活动成果，增强基层党组织活力，创建学习型党支部”主题征文活动中，中国中医科学院广安门医院药剂科党支部书记张静茹同志的《树立终身学习理念，努力构建学习型党支部》获“优秀奖”，局直属机关党委办公室获“组织奖”。
    11月8日，中央国家机关党工委组织部通报，国家中医药管理局直属机关党委党内统计报表获中央国家机关2005年度全优报表。
    12月25日，北京市公安局给予国家中医药管理局办公室综合处张印生、局机关服务中心关树华、赵立光同志嘉奖，给予中国中医科学院行政保卫处记集体三等功。
    12月25日，中央国家机关团工委决定（国团工发〔2006〕11号文件），命名中国中医科学院广安门医院药剂科调剂室和继续认定中国中医科学院广安门医院针灸科、西苑医院药剂科中草药调剂组、望京医院创伤一科护理组为“2005年度中央国家机关青年文明号”。