由国务院台湾事务办公室等部委和福建省人民政府共同主办，以“扩大民间交流、加强两岸合作、促进共同发展”为主题的“第三届海峡论坛”活动，于2011年6月10日—17日在厦门、福州、泉州、莆田等地举办。本届论坛围绕“聚焦基层，共享成果”的主议题，规划了5大板块，13项大活动，活动主题更突出民间。论坛期间，两岸基层民众代表和产业界人士共8000余名与会，共商“加强两岸合作，促进共同发展”大计。国家中医药管理局副局长于文明作为主办方之一应邀出席了11日的“海峡论坛”开幕式、“中华情海峡缘”综艺晚会以及12日上午“海峡论坛大会”的开幕式。
    大会期间，国家中医药管理局及厦门市人民政府共同主办了以“加强两岸中医药交流合作，保持发挥中医药特色优势”为主题的“2011海峡两岸中医药发展与合作研讨会”，作为“第三届海峡论坛”的重要配套活动之一，本次研讨会邀请了海峡两岸中医药界知名专家、学者及企业界人士共300多名代表与会，就两岸中医医院管理、中医药文化、教育培训和科研产业交流等议题进行深入研讨。国家中医药管理局副局长于文明、国务院台湾事务办公室交流局局长程金中、福建省政协副主席郑兰荪、厦门市副市长潘世建出席开幕式并致辞。
    研讨会期间，由厦门市海沧区政府主办的“海峡两岸中医药博物园”项目正式启动。于文明出席了海峡中医药博物园的奠基仪式并致辞。他表示海峡两岸中医药文化和保生慈济文化同根同源，该项目以“传承慈济文化，促进两岸交流”为主题，园区将建成海峡两岸中医药文化展览和交流基地、中医药产业及养生基地、青少年中医药科普教育基地以及保生大帝文化旅游基地，不仅促进了两岸中医药文化的交流与探索，也为弘扬和传承慈济文化精神、促进两岸交流提供了重要的平台。
    此外，会议期间还安排对接项目签约仪式，两岸中医药科研、教育、产业方面具体合作项目的签约，将更加有效务实地推进两岸中医药的交流与合作，促进两岸中医药事业的发展。