2011年9月19日，南京中医药大学和皇家墨尔本理工大学合作建立的中医孔子学院首届理事会第二次全体会议在南京召开。国家中医药管理局副局长于文明出席了会议开幕式并致辞。
    于文明在讲话中对两所院校在开展中医药学历教育和中医药文化推广中的合作及所取得的成果给予了充分肯定，表示开办中医孔子学院对于弘扬中华优秀文化，增强中华民族凝聚力，提高中华文化国际影响力，具有十分重要的意义。希望中医孔子学院能紧紧抓住中医学和对外汉语教学当前所面临的难得历史机遇，以汉语言为载体，进一步整合资源，体现质量为本，坚持科学发展，因地制宜、正确定位，走特色化的发展道路，促进中医药和汉语国际推广的良性互动及可持续发展。于文明特别强调中澳两国应该利用好世界卫生组织第62届大会上通过的《传统医学决议》，积极推动传统医学进入本国的主流医学体系，中国也将与澳大利亚及其它国家共同努力，促进传统医学的发展。
    作为中澳两国中医药领域具有重要影响的高等学府，南京中医药大学和皇家墨尔本理工大学在过去十多年富有成效的合作基础上，又成功开办了中医孔子学院。此次会议得到了双方的高度重视，南京中医药大学和皇家墨尔本理工大学的校领导均出席了会议。