财政部副部长王军9日在“深化医药卫生体制改革”记者会上透露，2009年-2011年全国财政投向医疗卫生体制改革的资金已经达到了11342亿元，远超出此前8500亿元的预计。但仍有部分委员认为，我国医疗卫生事业的总投入仍然严重不足，在资金的投向和效率上也需要改进。
    在投入的方向上，王军透露，中央财政的投入主要向保基本、保基层和建机制倾斜。其中，给新农合提标、给城市居民医保提标共计花费2300亿元，占中央财政整个医疗卫生支出的50%以上；支持基层医疗卫生机构软硬件建设，支持实施基本药物制度、取消药品加成上三年投入将超过1100亿元，占24%；在公共卫生方面投入900亿元，占比20%。
    王军透露，医疗卫生投入占整个财政支出的比重已经从2008年的4.57%提高到2011年的5.35%；占中央财政支出的比重则从2008年2.28%提高到了2011年的3.18%。
    尽管如此，但在部分全国政协委员看来，这个数字与实际的需要仍然存在相当大的距离。
    “这三年财政投入的力度肯定不能算大，因为本来的基数比较低。我国人均所有卫生费用(包括防疫、住院等)加在一块去年是1200元，与之相比，美国是6000美元，英国是7000英镑。”全国政协委员、南京医科大学教授黄峻对《经济参考报》记者表示。
    “政府在医疗卫生事业中的总投入严重不足。”黄峻表示，我国2009年卫生事业总开支约1.3万亿，仅占GDP的2.3%，低于联合国对发展中国家要求的3%。与此同时，医疗费用中个人支付的比率高达75%，政府财政支付仅占25%，这一数字不仅低于发达国家，也低于绝大多数发展中国家。显然，看病贵与政府财政投入不足密切相关。总体上来看，卫生事业开支这一块太薄弱，与实际上的需求相比远远不够。
    全国政协委员董协良认为，农村最基础的医疗保障系统已经形成，但是很多时候没有把钱花到点子上。“有些基层的设备、床位都已经到位了，但是有些设备居然都没有打开过，都生锈了。”他认为，对于基层医院来说，人才的投入才是第一位的。应把有限的资金用于培养人才上，通过一系列人才培训计划把人才在一定时期内留在基层。